ECOFECT


Comprendre comment les lgionelles interagissent avec lhomme

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le 21 octobre 2015 /

Rencontre avec Virginie Lelogeais, premire doctorante ECOFECT sur le projet de recherche LEGCOXINET

Pourquoi avez-voulu faire une thèse ?

J’ai toujours été intéressée par la recherche. Mon père qui a longtemps fait de la recherche dans le milieu agroalimentaire m’a certainement inspirée. J’ai eu l’occasion de faire plusieurs stages dans son laboratoire par le passé. Attirée par la biologie et la chimie, j’ai commencé mes études en biochimie puis je me suis orientée vers l’infectiologie. J’ai ainsi obtenu le Master 2 Recherche en infectiologie fondamentale. Mon attrait envers les pathogènes m’a poussée à réaliser mon stage de Master 2 dans l’équipe de Thomas Henry, ce qui m’a permis d’acquérir des bases solides dans les techniques utilisées en interactions hôtes-pathogènes.

Quel est votre sujet de thèse ?

Ma thèse s’inscrit dans le projet de recherche LEGCOXINET financé par ECOFECT. Je travaille sur Legionella pneumophila, une bactérie pathogène responsable d’une maladie que l’on appelle la légionellose ou encore maladie du légionnaire. Cette maladie se caractérise par une pneumonie sévère et est un problème de santé publique car on dénombre 10% d’échecs thérapeutiques même lorsque les patients sont correctement pris en charge. L’objectif de ma thèse est de comprendre comment cette bactérie interagit avec son hôte, l’homme.

L. pneumophila possède une seringue moléculaire appelée système de sécrétion de type 4 qui, comme son nom l’indique, permet la sécrétion d’un grand nombre de protéines (environ 300), que l’on nomme effecteurs, dans la cellule hôte. Ces effecteurs permettent à la bactérie de manipuler son hôte afin de ne pas être dégradée et de promouvoir sa réplication. Ils sont à l’origine du détournement de nombreuses voies cellulaires telles que l’autophagie. L’autophagie, qui signifie « se manger soi-même », est une voie de dégradation de la cellule qui lui permet à la fois de recycler certains de ses composants et de dégrader des pathogènes.

Comme les effecteurs sécrétés par L. pneumophila sont trop nombreux pour être étudiés individuellement, on s’est intéressé à une autre bactérie : Coxiella burnetii. Cette bactérie est responsable de la fièvre Q, une zoonose émergente qui est un problème de santé animale car elle provoque des avortements massifs dans les élevages agricoles. Cette bactérie est très proche de L. pneumophila d’un point de vue phylogénétique. De plus, C. burnetii est capable, comme L. pneumophila, de se répliquer à l’intérieur des cellules et elle possède également un système de sécrétion de type 4 qui lui permet de sécréter une centaine d’effecteurs impliqués notamment dans le détournement de l’autophagie de la cellule hôte. En comparant les effecteurs de ces deux bactéries, on espère identifier un nombre restreint d’effecteurs conservés communs qui seraient potentiellement impliqués dans la régulation de l’autophagie. C’est notre hypothèse de départ.

Combien en avez-vous trouvé ?

On a identifié huit effecteurs semblables entre les deux bactéries. Cela a réduit considérablement le nombre d’effecteurs à étudier. On a terminé de construire les mutants délétés pour chacun des gènes associés à ces effecteurs chez L. pneumophila et on teste à présent leurs phénotypes.

Avez-vous procédé vous-même aux analyses bio-informatiques ?

Non, je n’ai pas fait ces analyses toute seule. J’ai collaboré avec des bio-informaticiens qui m’ont familiarisée aux outils qu’ils utilisent notamment dans les études de phylogénie. J’ai dû aussi m’adapter à leur vocabulaire pour les comprendre et plus facilement échanger avec eux.

Le projet LEGCOXINET est en effet interdisciplinaire puisqu’il associe des bactériologistes, des écologues-évolutionnistes et des bio-informaticiens. Que vous a apporté cette interdisciplinarité ?

C’est une expérience très enrichissante. Quand on se réunit tous, il y a souvent deux points de vue qui apparaissent, celui du côté bactériologie et celui du côté évolution. Les discussions permettent de faire évoluer la problématique et de lever certains verrous.
Pour pouvoir échanger et collaborer, il a fallu que j’adapte mon discours en étant à la fois précise et didactique dans le vocabulaire employé. J’ai, par ailleurs pris l’habitude d’illustrer les différentes techniques utilisées par des schémas. Il m’a bien fallu six mois pour m’adapter et être complètement dans le bain. De plus, je travaille sur plusieurs sites : la Doua, Gerland et Laennec. Je me déplace deux à trois fois par semaine. J’ai dû apprendre à anticiper mes besoins pour mes manipulations afin de rassembler tout le matériel nécessaire au même endroit. Ce n’était pas si simple au départ.

Quels sont vos premiers résultats ?

Les informations concernant l’interaction entre L. pneumophila et l’autophagie sont contradictoires dans la littérature. Trois modèles existent, un premier qui décrit que l’autophagie n’a pas d’impact sur la réplication et la survie de L. pneumophila, un second qui montre que la l’autophagie est néfaste à la bactérie et un troisième qui suppose que l’autophagie est bénéfique à la bactérie. Durant ma thèse, on a déterminé que cette différence dépend des souches de L. pneumophila étudiées. Cela est conforté par le fait que parmi les souches de L. pneumophila que nous étudions, il existe de 7 à 11% de gènes qui sont spécifiques à chacune de ces souches. A présent on essaye de comprendre ce qui, au niveau moléculaire, est responsable de cette différence de modulation de l’autophagie.

Vous avez présenté ces résultats au congrès de la FEMS en juin pour lequel vous avez bénéficié d’une bourse de mobilité d’ECOFECT. Comment cela s’est-il passé ?

Nos concurrents directs sont quelques équipes aux Etats-Unis et en France. Ce congrès m’a permis de rencontrer certains d’entre eux et de confronter nos résultats. J’ai ressenti de leur part une certaine curiosité dans les questions qui ont suivi ma présentation orale et globalement cela s’est bien passé.

Votre soutenance de thèse est prévue pour la rentrée 2016. Que souhaitez-vous faire après ?

Dans l’idéal, je souhaiterais travailler dans une entreprise privée de biotechnologie en France ou à l’étranger.

Et sinon, d’autres passions à part la recherche ?

Oui, je suis très intéressée par la protection et le bien être animal.

Contacts
: Virginie Lelogeais, virginie.lelogeais@gmail.com et Laurence Naiglin, laurence.naiglin@univ-lyon1.fr, Tel. 04 72 43 18 05.
 


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