ECOFECT


Infectiologie – écologie et évolution : les approches intégratives deviennent opérationnelles

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le 29 avril 2015 /

ECOFECT a organisé sa 3ème Journée annuelle Scientifique le 3 avril 2015 sur le site Buisson de l’ENS. Afin de prolonger les discussions autour des différentes thématiques abordées, nous vous invitons à parcourir les diaporamas des intervenants…

En introduction de cet événement qui s’est avéré très interactif et qui a rassemblé une cinquantaine de personnes, un bilan des faits marquants 2014 du LabEx a été présenté.
>> Télécharger le diaporama (.pdf)

La résistance aux antibiotiques a été particulièrement mise à l’honneur avec notamment l’intervention d’Antoine Andremont, expert international dans ce domaine. Il nous a présenté une étude menée pendant une dizaine d’années sur l’écologie de populations bactériennes commensales chez les amérindiens Wayampis du village très isolé de Trois Sauts et dans la faune sauvage. Depuis 30 ans aucun nouvel antibiotique n’a été mis au point. Or l’antibio-résistance devient un problème majeur de santé publique qui devrait « tuer plus que le cancer » en 2050. Face à cette menace grandissante, la vision médicale de l’antibio-résistance n’est pas suffisante. Une vision plus holistique est nécessaire prenant en compte la dissémination des espèces microbiennes entre l’homme, les animaux et l’environnement.
Il est ressorti de cette étude que l’épidémiologie des entérobactéries dans ce village guyanais isolé, vivant dans une certaine autarcie, pouvait être un bon reflet de ce qui se passe dans le monde. Les résultats suggèrent que le niveau de la résistance bactérienne au sein des flores commensales est fonction de la distance à la source de pression de sélection et à son intensité. Ainsi, la résistance décroît de façon rapide chez les animaux avec la distance au village. Ce résultat vient conforter de manière encourageante, les politiques actuelles de réduction de consommation des antibiotiques.
>> Télécharger le diaporama « Etudier la résistance bactérienne chez les amérindiens Wayampis du village isolé de Trois Sauts : entre aventure et découverte » (.pdf)

La question de l’antibio-résistance a également été abordée au cours de cette journée lors de la présentation du tout dernier projet financé par ECOFECT, EVO-FIT-COMBO-TB (porté par Sylvain Goutelle – équipe Evaluation et modélisation des effets thérapeutiques - et Oana Dumitrescu – équipe Pathogenèse des infections à staphylocoques), qui combine des compétences en microbiologie, génomique évolutive et modélisation mathématique. Ce projet porte sur l’analyse des effets de la combinaison de deux antibiotiques contre plusieurs souches cliniques de M. tuberculosis issues de différentes lignées. La dynamique d’acquisition de mutations (SNP) pendant le traitement et sa relation avec l’exposition aux molécules seront particulièrement étudiées.
>> Télécharger le diaporama « Un exemple d'interaction complexe bactérie-antibiotique : étude in vitro et modélisation des effets d'une combinaison d'antibiotiques sur le bacille de la tuberculose » (.pdf)

Une nouvelle problématique de recherche portant sur l’effet d’une antibiothérapie prolongée sur l’évolution du microbiote dans les infections ostéo-articulaires qui avait fait l’objet d’un accompagnement dans un atelier de l’axe 2 « Multi-infections » d’ECOFECT a également été exposée par Frédéric Laurent (équipe Pathogenèse des infections à staphylocoques).
>> Télécharger le diaporama « Projet GUMiSiBi : Microbiote digestif et antibiothérapie de longue durée au cours des IOA : dysbiose, résilience, et impact sur le résistome, le phageome, le mobilome et le métabolome bactérien » (.pdf)

Toujours dans le domaine du microbiote et de l’expression de maladies, l’état d’avancement du projet VMMTSS (porté par Gérard Lina – équipe Pathogenèse des infections à staphylocoques – et Claire Prigent-Combaret – équipe Rhizosphère) financé par ECOFECT, a été présenté. Ce projet vise à comprendre comment l’organisation de la flore vaginale peut constituer un frein ou au contraire un déclencheur d’une maladie grave, le syndrome du choc toxique. Son approche interdisciplinaire associe des cliniciens, des chercheurs en écologie microbienne et des biostatisticiens.
>> Télécharger le diaporama « Microbiote vaginal et choc toxique staphylococcique » (.pdf)

Suite à ces différentes présentations et aux discussions qui en ont suivi, un groupe de travail sur l’antibio-résistance devrait voir le jour au sein d’ECOFECT.

La journée a également donné la parole aux porteurs des trois autres projets financés par ECOFECT dont les problématiques de recherche ont en commun l’étude des gènes impliqués dans la pathogénicité.
Les projets DENGEVOLOMICS (porté par Marlène Dreux – équipe Enveloppes virales, vecteurs et réponses innées – et Bastien Boussau – équipe Bio-informatique et génomique évolutive) et INTRACELL-X-EVO (porté par Thomas Henry – équipe Inflammasome et infections bactériennes – et Eric Tannier – équipe Bio-informatique et génomique évolutive) sont emblématiques de la démarche « Ecofectienne » dans la mesure où les concepts des deux disciplines (infectiologie et éco-évolution) s’enrichissent mutuellement. La méthode proposée par les deux projets consiste à suivre la dynamique d’adaptation des pathogènes dans un « environnement » cellulaire donné, afin d’identifier des régions du génome impliquées dans la virulence, en combinant deep-sequencing et analyses bio-informatiques et statistiques.
>> Diaporama « Infection du vecteur moustique par le virus de la Dengue : contrôle et adaptation à la réponse de l'hôte » (non disponible au téléchargement pour des raisons de confidentialité)
>> Télécharger le diaporama « Comment se débarrasser des bactéries intracellulaires ? Approches classiques et évolutives pour résoudre ce problème » (.pdf)

Le projet LEGCOXINET (porté par Patricia Doublet – équipe Pathogenèse des légionelles – et Fabrice Vavre – équipe Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites), financé par ECOFECT, qui rassemble un consortium multi-disciplinaire (microbiologie / interactions hôte-pathogènes, bioinformatique / phylogénomique et éco-immunologie), porte également sur l’identification de facteurs de virulence. L’étude de plusieurs espèces de parasites proches avec un gradient allant de la pathogénicité au mutualisme fournit ici un système comparatif pour cibler les gènes d’intérêt et pour comprendre les scénarios évolutifs qui ont permis l’émergence de stratégies communes pour échapper aux défenses immunitaires de l’hôte.
>> Diaporama « Exploration des relations fonctionnelles, écologiques et évolutives entre les effecteurs des TSS4 de Legionella et Coxiella et la machinerie autophagique de l’hôte » (non disponible au téléchargement pour des raisons de confidentialité)

Enfin, une nouvelle problématique de recherche portant sur une approche interdisciplinaire pour comprendre la division cellulaire des bactéries, initiée via le financement des gratifications d’un stage de Master 2 par ECOFECT, a été exposée par Pierre Garcia (co-encadré par Christophe Grangeasse – équipe Bactéries pathogènes et phosphorylation des protéines – et Céline Brochier-Armanet – équipe Bio-informatique et génomique évolutive) et devrait donner lieu au dépôt d’un nouveau projet de recherche à notre appel d’offre « au fil de l’eau ».
>> Télécharger le diaporama (.pdf) : "Biologie cellulaire et phylogénomique : une approche interdisciplinaire pour comprendre la division cellulaire des bactéries"