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Sélection par l’ANR du projet ExHyb labellisé par ECOFECT

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le 27 août 2014 /

Le projet de recherche ExHyb « Stabilité génomique chez les hybrides », porté par Cristina Vieira de l’équipe « Eléments Transposables, Evolution, Populations » du LBBE, qui a bénéficié de la labellisation ECOFECT a été sélectionné dans le cadre de l’appel à projet générique de l’ANR 2014 « Défi de tous les savoirs ».

La notion d'espèce, enjeu majeur des politiques actuelles de biodiversité, est classiquement définie sur la base de l'interfécondité et l'inter-fertilité. Ces événements sont rendus possibles quand la réunion des génomes maternel et paternel est stable. Lorsque deux espèces ont divergé ou lorsqu'un isolement reproducteur (mécanisme empêchant — ou limitant fortement — l'hybridation de deux espèces) se met en place entre deux populations éloignées, la réunion des deux génomes peu constituer un stress, qui peut activer certains composantes des génomes comme les éléments transposables et en particulier des rétrovirus endogènes.

Les éléments transposables sont des constituants majeurs de tous les génomes. Ils sont souvent considérés comme des parasites génomiques, étant donnée leur capacité de réplication au sein du génome hôte. Les rétrovirus endogènes (classe particulière d’élément transposable), non pathogènes, peuvent être réactivés par les stress génomiques. Les conséquences de cette réactivation, avec un réveil éventuel de leur pouvoir infectieux, peuvent s’avérer assez délétères pour les génomes hôtes et pour la réunion de deux génomes lors du processus d’hybridation. Des mécanismes de contrôle de ces parasites ont été mis en place, principalement de nature épigénétique.

Ce projet ANR propose d'étudier la variabilité des mécanismes permettant le maintien de la stabilité génomique, à partir de l'analyse des conséquences du stress génomique chez les hybrides. L'activité et la régulation des éléments transposables seront utilisées comme marqueurs de la stabilité génomique.

Différentes échelles évolutives seront abordées, grâce au modèle Drosophile. Les stress génomiques intra-spécifiques et inter-spécifiques seront étudiés à partir de diverses populations naturelles et d’espèces proches. Des données de transcriptomique pour les espèces/populations parentales et leurs hybrides seront générées. L'activité des éléments transposables sera ainsi mesurée et les gènes impliqués dans leur régulation seront analysés. Des données épigénétiques seront générées à partir des mêmes échantillons pour analyser les mécanismes de régulation des éléments transposables impliqués dans la stabilité génomique et leur variabilité.
Ces différentes analyses permettront de participer à la compréhension du contrôle de ces rétrovirus endogènes par le génome hôte.

Ce projet a pour ambition de mettre en évidence les interactions hôte – parasites au cours de stress génomiques, à différentes échelles évolutives, afin de comprendre les mécanismes de stabilité du génome et d'en évaluer la variabilité.

Contact : Cristina Viera, Cristina.vieira@univ-lyon1.fr