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Rhizosphere

UMR CNRS 5557

Adresse : 
Laboratoire d'Ecologie Microbienne
Mél : 
claire.prigent-combaret@univ-lyon1.fr
Tutelle : 
CNRS, UCBL, VetAgro Sup

Organisation

Responsables d'équipe : Claire Prigent-Combaret et Yvan Moënne-Loccoz

Axe(s) de recherche

L’équipe Rhizosphère travaille sur les interactions biotiques entre les bactéries du sol et les plantes. Ses recherches sont principalement centrées sur l’étude des mécanismes moléculaires impliqués dans la symbiose associative (coopération) entre des rhizobactéries phytobénéfiques et les racines des plantes. Elle s’intéresse également à l’écologie (survie, distribution et dynamique des populations) d’agents pathogènes de l’homme et des végétaux dans les sols.
L’originalité de l’équipe repose dans sa capacité à combiner (1) des approches aux niveaux des individus, des populations et des communautés bactériennes et (2) des méthodes et expertises diversifiées (science du sol, écologie microbienne, métabolomique microbienne et végétale, analyse des interactions plantes-microbes par microscopie, suivi de l’expression de gènes bactériens lors de la colonisation racinaire, etc.). Elle étudie les processus moléculaires et génétiques impliqués dans la colonisation bactérienne des plantes, y-compris par des agents infectieux, et s’intéresse aux risques associés à ces interactions pour les plantes et les hommes.
En ce qui concerne les travaux sur l’interaction des pathogènes humains avec les plantes, l’équipe Rhizosphère a participé depuis 2005 à deux projets nationaux consacrés à l’étude de la survie dans la rhizosphère de l’entérobactérie Escherichia coli et de sous-populations pathogènes de l’homme, productrices de shiga toxines (ou STEC pour Shiga Toxine Escherichia Coli) (Pastor Project, GESSOL 2, 2005-2008, Co-PI: C. Prigent-Combaret; Acido-résistance STEC Project, ANR PNRA, 2006-2009; PI: C. Vernozy-Rozand). De façon inattendue, les résultats de ces projets ont montré que différentes sous-populations d’E. coli (dont les STEC) sont capables de survivre pendant de très longues périodes dans les sols nus (Frémaux et al., 2008) et rhizosphériques (Texier et al., 2008; Frémaux et al., 2010; Dorioz et al., 2011; Trévisan et al., 2011). Ces populations sont capables d’interagir avec la plante en colonisant l’intérieur de ses tissus et en modifiant son métabolisme secondaire (Walker et al. 2013). L’équipe a participé ou coordonné des projets européens sur les interactions plantes-bactéries. Elle publie environ 15 papiers par an.

Mots clés : Ecologie, Microbiologie, Agronomie des plantes, Phytochimie, Risques sanitaires, Rhizosphère, Rhizobactéries, Pathogènes, Plantes, Sol, Interactions biotiques, Probiotiques

 

Domaines

Ecologie
Microbiologie
Agronomie
Phytopathogènes
Phytochimie
Risques sanitaires

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