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Publié le 6 février 2018 | Mis à jour le 11 juillet 2018

ClonaRetro

Déchiffrer la clonalité rétrovirale chez les primates non-humains co-infectés naturellement avec différents rétrovirus exogènes

Co-porteurs : Renaud Mahieux (CIRI) et David Fouchet (LBBE)

L’homme peut être infecté par au moins trois familles différentes de rétrovirus exogènes: le virus T-lymphotropique humain de type 1 (HTLV-1), le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) et le virus spumeux (HFV). HTLV-1 infecte 5 à 10 millions de personnes dans le monde entier. Ce rétrovirus provoque une maladie lympho-proliférative maligne appelée leucémie adulte des lymphocytes T (ATLL) / lymphome et une myélopathie associée au HTLV-1 / paraparésie spastique tropicale (HAM / TSP). Le VIH-1 infecte lui plus de 30 millions d'individus et provoque le sida. Jusqu'à présent, HFV a été détecté dans une 100aine de cas, mais ce nombre est très probablement sous-estimé puisque des milliers d'individus sont exposés chaque année à des fluides de primates non humains lors de morsures sévères. L'infection à HFV est asymptomatique. Il est important de noter que des cas de co-infections VIH-1 / HTLV-1 ou HTLV-1 / HFV ont été rapportés (par exemple, Magri et al., 2012). In vivo, les génomes HTLV-1, HIV-1 et HFV intégrés (c'est-à-dire les provirus) sont détectés dans les lymphocytes T CD4 +. De plus, dans l'infection par HTLV-1, une charge provirale élevée (= le % de lymphocytes à virus HTLV-1 en circulation) est fortement associée à un risque accru de développer une maladie liée au HTLV-1. Chez un hôte infecté par un retrovirus, le virus peut propager et augmenter la charge provirale par deux voies: i) par l'infection de novo de cellules par des virions qui subissent ensuite une transcription inverse et s’intègrent dans un nouveau site génomique; ii) par expansion clonale des cellules déjà infectées en l'absence de réplication virale. HTLV-1 se réplique principalement par expansion clonale. Les clones individuels de cellules infectées contenant des virus compétents pour la réplication peuvent persister chez les patients pendant plusieurs années. Cette pseudo-latence rend HTLV-1 résistant aux médicaments anti-rétroviraux et contribue au fait que le virus arrive à contourner la réponse immunitaire de l'hôte. La séquence de HFV varie peu, ce qui suggère que HFV est également capable de stimuler l'expansion clonale des cellules infectées, mais reste à être démontré. En revanche, le VIH-1 se réplique presque exclusivement via une infection de novo, et l'expression virale favorise l'apoptose.
Dans ce projet, nous quantifierons l'impact de la co-infection liée à des rétrovirus exogènes sur la clonalité virale. Nous étudierons la clonalité SFV et STLV-1 dans le cas d'une infection naturelle avec un (SFV), deux (SFV / STLV-1, STLV-1 / SIV) ou trois virus (SFV / STLV / SIV), chez deux espèces très proches de primates non-humains (babouins, mandrills). L'analyse de la clonalité représente un outil puissant pour comprendre les infections virales en intégrant l'écologie de l'hôte et les moyens possibles par lesquels les parasites peuvent interagir. Les résultats de ce travail permettront d’identifier les facteurs qui se rapportent à la clonalité rétrovirale et nous permettront de tester des hypothèses spécifiques sur l'impact de la co-infection rétrovirale sur la clonalité. En comparant la dynamique de la clonalité chez deux hôtes étroitement liés vivant dans différentes niches écologiques, nous essayerons de généraliser nos conclusions.

Co-porteurs : Renaud Mahieux, équipe "Oncogénèse retrovirale" du CIRI et David Fouchet, équipe "Ecoépidémiologie évolutionniste" du LBBE
Collaborateurs: Dominique Pontier, équipe du LBBE, Charles Bangham de l'Imperial College London en Angleterre, Barthélémy Ngoubangoye du Centre de Primatologie de Franceville au Gabon et Jean-Nicolas Volff, équipe de l'IGFL.
Durée du projet :
3 ans
Financement :
bourse de thèse et coûts de fonctionnement
Doctorant:
Brice Jegado