Vous êtes ici : Version française > Recherche > Projets Collaboratifs

Recherche
Publié le 2 août 2018 | Mis à jour le 2 août 2018

ViBra-Flu

Interactions virome-bactériome-transcriptome impliquées dans la pathogénèse de la grippe chez les enfants

Co-porteurs : Bruno Lina & Laurence Josset (CIRI) et Claire Bardel (LBBE)

La grippe sévère est un processus multifactoriel où le développement de la maladie dépend d’interactions complexes entre des facteurs lié à l’hôte, au virus et à l’environnement. Ces interactions sont encore mal comprises et l’évolution de la maladie grippale n’est pas prévisible au moment de l'infection du patient. Des études récentes suggèrent que le microbiote respiratoire est impliqué dans la détermination de l’incidence et la sévérité des infections respiratoires aiguës (IRA). Durant une infection grippale, le microbiote régule la réponse immunitaire de l’hôte. La plupart des études sur le microbiote se sont penchées sur la composante bactérienne, la composition et le rôle du virome respiratoire pendant une IRA restant inconnus. Des interactions entre les composantes virale et bactérienne du microbiote, appelées interactions « trans-royaumes », semblent être de plus en plus impliquées chez les organismes sains et malades mais n'ont pas encore été définies dans les voies respiratoires.
Dans le projet ViBra-Flu, nous proposons de caractériser le rôle de ces interactions « trans-royaumes » au sein du microbiote respiratoire impliqué dans la pathogénèse de la grippe et de définir des biomarqueurs pronostiques de la grippe. Pour ce faire, nous allons utiliser une collection prospective d’échantillons respiratoires collectés chez des enfants infectés par le virus de la grippe et pour lesquels la grippe s’est avérée sévère ou bénigne. Nous caractériserons les compositions virale et bactérienne associées à une grippe sévère ou modérée, ainsi que la réponse respiratoire transcriptomique de l’hôte à l’infection. Ces données seront intégrées aux données cliniques afin de définir les interactions transcriptomiques virome-bactériome-hôte associées à une maladie grippale sévère et d’identifier des biomarqueurs combinatoires de l’évolution de l’infection grippale.

Le projet ViBra-Flu va permettre :
  • des avancées médicales : le projet va identifier des signatures combinées comprenant les transcriptomes viral, bactérien et de l’hôte afin de prédire le développement de l’infection grippale lors de l’admission à l’hôpital. De tels biomarqueurs pronostiques amélioreront l’identification des patients présentant un risque de maladie grave et permettront de développer des stratégies axées sur le risque, ceci pour une meilleure prise en charge du patient et organisation des soins ;
  • des avancées scientifiques : l’étude des relations « trans-royaumes » à l’intérieur du microbiote respiratoire impliqué dans la sévérité de l’infection grippale pourra permettre de mieux comprendre la pathogénèse de la grippe et le rôle du microbiote dans l’infection respiratoire. De plus, le projet va travailler sur des challenges méthodologiques aussi bien en bio-informatique, avec la comparaison statistique des pipelines d’analyses du virome et leur amélioration, qu’en biostatistique avec l’intégration de données cliniques de grande dimension.

Co-porteurs : Bruno Lina et Laurence Josset, équipe "Virologies et Pathologies humaines - VirPath" du CIRI et Claire Bardel, équipe "Biostatistiques-santé" du LBBE.
CollaborateursCAnne-Béatrice dufour et Jean Thioulouse, équipe "Ecologie quantitative et évolutive des communautés" du LBBE, et Vincent Navratil du PRABI et Yves Gillet de l'Hôpital Femme-Mère-Enfant des HCL de Lyon.
Durée du projet : 2 ans
Financement : 
bourse de postdoc et coûts de fonctionnement
Doctorante :
Marina Sabatier