VIVALDI

La tuberculose provoquée par le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTB) reste une maladie infectieuse mortelle au niveau mondial. L'infection à MTB entraîne diverse manifestations de la maladie et succès épidémiologiques: une infection asymptomatique latente et / ou une progression avec des atteintes pulmonaires ou extra-pulmonaires, avec un éventail dans la sévérité des symptômes. Jusqu'à maintenant, aucun déterminant génétique n’a été associé à la virulence de MTB, la progression de la maladie, la gravité ou le succès de sa propagation. Sans mise en évidence de transfert horizontal de gènes chez MTB, les spécificités de lignée sont principalement limitées à des ensembles de mutations.
Afin de repérer les déterminants génétiques potentiels de la physiopathologie clinique et des caractéristiques épidémiologiques, nous proposons de combiner les méthodes conventionnelles de microbiologie, de statistiques et d'écologie des communautés afin de mieux comprendre les processus qui régissent l’assemblage des variants de MTB à différentes échelles et leur implication dans les manifestations de MTB. En analysant la diversité et les performances des variants génétiques obtenus à partir de la collecte des isolats de Rhône-Alpes et en étudiant l'écologie des communautés de ces agents pathogènes, nous visons à mettre en évidence les processus et assemblage menant à leur virulence.

Co-porteurs : Jean-Luc Berland, équipe "Laboratoire des pathogènes émergents - Fondation Mérieux" du CIRI et Samuel Venner, équipe "Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés" du LBBE.
Collaborateurs: Oana Dumitrescu , équipe "Pathogénie des staphylocoques" du CIRI et Laurent Jacob, équipe "Statistique en grande dimension pour la génomique" du LBBE.
Durée du projet : 2 ans
Financement : bourse de postdoc et coûts de fonctionnement
Post-doctorant: Charlotte Genestet