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Publié le 8 août 2018 | Mis à jour le 21 septembre 2018

ANTI-SELFISH

Changement de perspective sur la résistance aux antibiotiques: La propagation de la résistance est-elle motivée par la compétition des traits égoîstes des éléments génétiques mobiles ?

Coordinateur :Xavier Charpentier (CIRI) - Partenaires Ecofect : Samuel Venner (LBBE), Maria-Halima Laaberki (CIRI) et Tristan Ferry (CIRI/HCL) - Partenaires externes : Marisa Haenni (Anses-Lyon) et Christine Gaspin (INRA)

Problème incontournable en matière de santé publique, l’antibiorésistance nécessite des approches pluridisciplinaires afin de comprendre et maîtriser sa diffusion. Chez les bactéries, les mécanismes de transferts horizontaux de gènes assurent la propagation de l’antibiorésistance en permettant à certaines bactéries d’acquérir des gènes de résistance aux antibiotiques provenant d'autres bactéries.

L’objectif de ce projet multi-équipes est de comprendre la dynamique de propagation des gènes de résistance antibiotique. Dans ce but, nous utiliserons comme modèle d’étude la bactérie Acinetobacter baumannii. A. baumannii est un pathogène opportuniste et nosocomial humain et animal multi-résistant aux antibiotiques. L’émergence rapide de la multi-résistance chez ce pathogène démontre une remarquable aptitude à acquérir de nouveaux gènes de résistance. Cette capacité d'acquisition repose sur les mécanismes de transfert horizontal de gène qui incluent la transformation naturelle bactérienne récemment mise en évidence chez A. baumannii. Par ce mécanisme de transformation naturelle, les bactéries collectent des gènes de résistance libérés par d'autres bactéries dans leur environnement direct (transmission horizontale). En les intégrant à leur génome elles assurent la transmission héréditaire du gène de résistance à leur descendance (transmission verticale) et sa diffusion dans l’environnement. Afin d’étudier cette dynamique des gènes de résistance antibiotique, nous proposons un nouveau paradigme afin d’expliquer cette diffusion en considérant les gènes de résistance antibiotique comme des entités égoïstes parasitant les génomes bactériens pouvant interférer avec les mécanismes d’acquisition (ici, la transformation naturelle) de gènes de résistance « concurrent ».

Afin d’investiguer le caractère « égoïste » des gènes de résistance antibiotique, ce projet propose trois principaux axes : (1) déterminer les gènes impliqués dans l’acquisition des gènes de résistance chez A. baumannii, (2) analyser les avantages/coûts pour la bactérie de porter certains gènes de résistance en fonction de son environnement (présence d’antibiotique ou non) et (3) déterminer si les gènes de résistance interfèrent avec les mécanismes bactériens d’acquisition des gènes de résistance.

Coordinateur : Xavier Charpentier, équipe "Transfert de Gène Horizontal chez les Bactéries Pathogènes" du CIRI
Partenaires Ecofect :  Samuel Venner, équipe "Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés" du LBBE,  Maria-Halima Laaberki, équipe "Transfert de Gène Horizontal chez les Bactéries Pathogènes" du CIRI, et Tristan Ferry, équipe "Pathogénie des Staphylocoques" du CIRI.
Partenaires externes : Marisa Haenni de l'Anses de Lyon et Christine Gaspin de l'INRA Toulouse.
Durée du projet : 3 ans
Financement :
bourses de doctorants et d'un ingénieur de recherche, plus coûts de fonctionnement
Doctorants:
Anne-Sophie Godeux et Tony Rochegüe
Ingénieur de recherche:
Gabriel Carvalho